主角意外穿越至与《我的世界》高度契合的方块异世界，这里曾是生机盎然的方块天地，却因“虚空腐化”的蔓延濒临崩塌——腐化之力吞噬方块大陆，扭曲生物形态，就连末地、下界也沦为黑暗巢穴，人类据点仅剩最后一隅，世界步入毁灭倒计时。
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三年前的 8 月 31 日，突如其来的“侵略者”，—艘巨大的“母舰”降落至东京上空，世界似乎迎来了终结……在那之后，绝望融入了日常生活，巨大的圆盘飘浮在上空的世界持续到现在。小山门出、中川凰兰两个高中少女，在这个走向终结的世界中，挥洒着自己的青春时代。
蚂蚁战队为守护家园，与雷、仇两路人马展开圣兽力量的争夺，最后决战于炽火塔内。在圣兽感召下，蚂蚁战队逆转局势，并将敌人击退！所有人也得到圣兽力量的洗礼，心灵和实力都得到了重生，并携手向更高目标迈进。
